Dans un arrêt très attendu, la plus haute juridiction de l'ordre judiciaire a invalidé la décision d'annuler ces poursuites, prononcées dans l'enquête sur les activités du groupe en Syrie jusqu'en 2014.
Elle a aussi cassé la décision de la cour d'appel de maintenir la mise en examen du groupe pour "mise en danger de la vie d'autrui", et renvoyé ces deux questions devant la chambre de l'instruction, dans une composition différente, afin qu'elle se prononce à nouveau.
Les magistrats de cette chambre pourront ainsi décider de maintenir ou d'annuler ces poursuites contre le groupe.
La Cour a en revanche confirmé la mise en examen du cimentier pour "financement du terrorisme".
"La décision prise aujourd'hui par la Cour de Cassation ne présume en aucun cas d'une éventuelle culpabilité de Lafarge SA", a réagi le groupe dans une déclaration adressée à l'AFP, assurant qu'il continuait "de coopérer pleinement avec la justice".
"Nous avons pris des mesures immédiates et fermes pour nous assurer que des événements similaires ne puissent plus se reproduire", a-t-il assuré, précisant que Lafarge n'exerçait "plus aucune activité en Syrie depuis plus de six ans".
Dans cette information judiciaire ouverte en juin 2017, Lafarge SA est soupçonné d'avoir versé en 2013 et 2014, via sa filiale Lafarge Cement Syria (LCS), près de 13 millions d'euros à des groupes terroristes, dont l'organisation Etat islamique (EI), et à des intermédiaires afin de maintenir l'activité d'une cimenterie en Syrie alors que le pays s'enfonçait dans la guerre.
Le groupe avait investi 680 millions d'euros dans la construction de ce site, achevé en 2010.
"En connaissance de cause"
Lafarge est également suspecté d'avoir vendu du ciment de l'usine à l'EI et d'avoir payé des intermédiaires pour s'approvisionner en matières premières auprès de factions jihadistes.
Un rapport interne commandé par LafargeHolcim, né de la fusion en 2015 du français Lafarge et du suisse Holcim, avait mis en lumière des remises de fonds de LCS à des intermédiaires pour négocier avec des "groupes armés".
Mais Lafarge SA a toujours contesté toute responsabilité dans la destination de ces versements à des organisations terroristes.
"L'on peut être complice de crimes contre l'humanité même si l'on n'a pas l'intention de s'associer à la commission de ces crimes", a expliqué la Cour de cassation dans un communiqué.
"Dans cette affaire, le versement en connaissance de cause de plusieurs millions de dollars à une organisation dont l'objet est exclusivement criminel suffit à caractériser la complicité, peu importe que l'intéressé agisse en vue de la poursuite d'une activité commerciale", a-t-elle détaillé.
"La Cour de cassation donne raison au magistrat instructeur sur deux points essentiels, en confirmant les poursuites pour financement du terrorisme et en rouvrant le débat sur la complicité de crimes contre l'humanité, qui sera maintenue compte-tenu des éléments accablants du dossier", a réagi Me William Bourdon, fondateur de l'ONG Sherpa.
"A l'échelon mondial, ces poursuites, qui déboucheront sur un procès de Lafarge et ses dirigeants pour les crimes les plus graves, sont une première et nous rappellent l'impératif absolu que constitue le devoir du législateur de responsabiliser de gré ou de force les plus grandes entreprises de la planète", a-t-il poursuivi.
Dans son arrêt, la Cour de cassation a par ailleurs estimé que seule l'ONG European Center for Constitutional and Human Rights (ECCHR) pouvait se constituer partie civile et uniquement à l'égard de l'infraction de "complicité de crimes contre l'humanité" reprochée à la société.
Sherpa et l'association Life for Paris se sont vues pour leur part déboutées de leur demande de se constituer partie civile.
"Sherpa reste fière d'avoir initié cette procédure. Si le rejet de notre pourvoi est singulier, il ne l'est que pour des raisons techniques qui pourront être corrigées rapidement", a estimé l'avocat.