L'entrée en vigueur de la facturation électronique inquiète le SDI

Le calendrier de la facturation électronique entre entreprises entre dans sa première phase depuis le 1^er septembre 2026. À cette date, toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France, y compris celles bénéficiant de la franchise en base, doivent pouvoir recevoir des factures électroniques par l’intermédiaire d’une plateforme agréée.

Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire sont également tenues d’émettre leurs factures sous ce format et de transmettre les données attendues par l’administration. Les PME, TPE et microentreprises disposeront d’un délai supplémentaire, leur obligation d’émission et de « e-reporting » prenant effet le 1^er septembre 2027.

Le Syndicat des indépendants et des TPE (SDI) estime que de nombreuses petites structures restent insuffisamment préparées. Il pointe trois principales sources de préoccupation : le coût de la transition, la coexistence temporaire de plusieurs circuits de facturation et la protection des données confiées aux plateformes.

Pour Marc Sanchez, secrétaire général du SDI : « Les TPE vont entrer dans une réforme coûteuse, complexe et encore source d’interrogations sur la sécurité des données. Le Gouvernement a promis tolérance et bienveillance lors de son démarrage. Nous en prenons acte et nous veillerons à ce que cet engagement soit pleinement respecté sur le terrain. »

Un niveau de préparation encore inégal

Pour recevoir leurs factures électroniques, les entreprises doivent désigner une plateforme agréée ou utiliser une solution compatible raccordée à l’une de ces plateformes. Cette désignation permet leur inscription dans l’annuaire central chargé d’orienter les factures vers le bon destinataire.

Le 11 juillet 2026, le ministère de l’Action et des Comptes publics indiquait que deux millions d’entreprises avaient déclaré disposer d’une plateforme de réception, sur près de dix millions d’acteurs économiques concernés. Le nombre de raccordements est appelé à progresser rapidement à l’approche de l’échéance.

Pour le SDI, le choix d’une solution reste néanmoins difficile pour certains indépendants et dirigeants de TPE, confrontés à une offre abondante et à des niveaux de service variables. L’administration recensait alors environ 130 plateformes agréées.

Des coûts variables selon l’équipement des entreprises

Le coût de la réforme dépendra largement de l’organisation existante. Certaines plateformes proposent une offre gratuite pour les fonctions réglementaires essentielles, tandis que d’autres commercialisent des abonnements ou des services complémentaires.

Les entreprises déjà équipées d’un logiciel de facturation ou de comptabilité devront vérifier sa compatibilité avec le nouveau dispositif. Selon les situations, des dépenses peuvent être nécessaires pour adapter ou remplacer un outil, effectuer les paramétrages, former les équipes ou bénéficier d’un accompagnement comptable.

Le SDI considère que ces charges arrivent dans une période économique défavorable aux petites entreprises. À la fin juin 2026, la Banque de France recensait 70.803 défaillances sur douze mois, soit une hausse de 5,1 % sur un an. Dans la construction, 14.483 défaillances étaient comptabilisées sur la même période, un niveau en léger recul de 1,6 % mais toujours proche des points hauts récents.

Plusieurs circuits pourront coexister au démarrage

La période de transition pourra conduire certaines factures à circuler simultanément par voie électronique et par un canal habituel, comme le courrier électronique, le PDF ou le papier. Le guide de démarrage publié par la Direction générale des Finances publiques autorise temporairement le recours à ces canaux lorsqu’un incident empêche l’utilisation du circuit électronique et menace la continuité de l’activité ou des paiements.

Une facture reçue par un canal traditionnel pourra ainsi continuer à être traitée, comptabilisée et payée si elle correspond à une opération réelle et comporte les informations requises. Lorsque le fournisseur est déjà soumis à l’obligation d’émission électronique, une régularisation pourra ensuite intervenir par l’intermédiaire de sa plateforme.

Cette organisation transitoire nécessite toutefois une vigilance particulière. Les entreprises devront rapprocher les références, les dates et les montants afin d’éviter qu’une facture transmise deux fois ne provoque une double comptabilisation, un double paiement ou une double déduction de TVA.

La circulation des données soulève des interrogations

La réforme implique la transmission de données commerciales et fiscales portant notamment sur les fournisseurs, les clients, la nature des opérations, les montants facturés, la TVA et certains paiements. Le SDI demande que les responsabilités respectives des entreprises, des éditeurs, des plateformes et de l’administration soient clairement établies en cas d’incident ou de fuite.

L’organisation professionnelle rapproche ces inquiétudes des accès illégitimes constatés en juin et juillet 2026 dans le système d’information de la DGFiP, après l’usurpation des identifiants d’agents publics. Cet incident a permis la consultation et l’extraction de données concernant des particuliers et des professionnels.

Il ne concernait toutefois pas directement le réseau de facturation électronique, et la DGFiP a précisé que les espaces fiscaux des particuliers et des professionnels n’avaient pas été compromis. Les plateformes de facturation font par ailleurs l’objet d’une procédure d’immatriculation et doivent apporter des garanties réglementaires concernant l’intégrité, l’authenticité, la lisibilité et l’exhaustivité des données.

Une tolérance conditionnée à une démarche active

Face aux difficultés susceptibles d’apparaître lors du lancement, le Gouvernement a annoncé une politique de « tolérance et de bienveillance ». Selon la doctrine publiée par l’administration, aucune sanction ne doit être appliquée au démarrage aux entreprises rencontrant des difficultés réelles dès lors qu’elles sont engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité.

Cette position ne constitue cependant ni un report ni une suspension de la réforme. Les entreprises devront pouvoir démontrer les démarches entreprises : choix d’un prestataire, échanges avec l’éditeur ou l’expert-comptable, signalement d’un incident, preuves de raccordement et actions correctives.

Le SDI annonce qu’il restera attentif à l’application de cette doctrine sur le terrain. Il demande qu’une entreprise de bonne foi ne soit pas sanctionnée en raison d’un retard de raccordement, d’un dysfonctionnement technique ou d’une indisponibilité temporaire de son prestataire.

Les premières démarches à engager

• vérifier si l’entreprise entre dans le champ de la réforme ;
• choisir une plateforme agréée ou contrôler le raccordement de sa solution actuelle ;
• mettre à jour les données d’identification des clients et fournisseurs ;
• tester la réception et le traitement des factures avant l’échéance ;
• définir une procédure pour détecter les factures reçues plusieurs fois ;
• conserver les preuves des démarches et des incidents rencontrés ;
• examiner les conditions tarifaires, contractuelles et de sécurité du prestataire retenu.